Zasada działania rozdrabniacza odpadów medycznych opiera się przede wszystkim na mechanicznym ścinaniu i kruszeniu udarowym. Urządzenie wykorzystuje szybkoobrotową tarczę tnącą i ostrza do cięcia, rozdzierania i mielenia wejściowych odpadów medycznych. Odpady w sposób ciągły zderzają się i ocierają o komorę rozdrabniania, stopniowo rozdrabniając je na granulki lub małe kawałki w celu późniejszej sterylizacji lub obróbki. Ta mechaniczna metoda rozdrabniania umożliwia przetwarzanie różnych rodzajów odpadów medycznych, w tym tworzyw sztucznych, gumy i papieru, przy jednoczesnym zmniejszeniu objętości odpadów.
Układ zasilania niszczarki ma kluczowe znaczenie dla napędzania procesu rozdrabniania. Silnik napędza tarczę tnącą poprzez reduktor lub bezpośrednio, a noże tną odpady z dużą prędkością. Prędkość obrotowa, liczba ostrzy i układ tarcz tnących decydują o wydajności rozdrabniania i wielkości cząstek wyjściowych. Siła odśrodkowa i siła ścinająca powstająca w wyniku szybkiego obrotu szybko kruszą odpady w komorze rozdrabniania i równomiernie je wyrzucają, poprawiając w ten sposób wydajność przetwarzania. Dostępny jest również system zabezpieczeń i kontroli rozładowania. Wlot paszy jest zwykle wyposażony w urządzenie zabezpieczające zapobiegające kontaktowi operatora z ostrzami; wylot rozdrobniony został zaprojektowany tak, aby zapewnić płynny wyładunek rozdrobnionych odpadów. System sterowania może regulować moc i prędkość silnika oraz automatycznie zatrzymywać maszynę w przypadku przeciążenia lub zablokowania, zapewniając bezpieczną pracę sprzętu. Dzięki skoordynowanemu działaniu mechanicznych systemów kruszenia i kontroli, rozdrabniacze odpadów medycznych zapewniają wydajne, kontrolowane i higieniczne przetwarzanie odpadów.